Na estrutura organizacional do IBCCRIM, os Departamentos dizem respeito a específicas áreas de atuação do Instituto, cada um sob a coordenação de alguns associados (Coordenadores/as-Chefes e Coordenações Adjuntas). 

A especialização das ações por determinados setores de atividades facilita o planejamento e a execução das tarefas realizadas em âmbito nacional e internacional.

Atualmente, o IBCCRIM conta com os seguintes Departamentos:

Ações Antidiscriminatórias
Amicus Curiae
Atualização do Vocabulário Básico Controlado
Biblioteca
Boletim
Comunicação
Concessão de Bolsas de estudo e desenvolvimento acadêmico
Convênios
Cooperação Jurídica internacional
Cursos
Cursos IBCCRIM-Coimbra
Departamento de Jurisprudência
Direito Penal Econômico e Compliance
Estudos e Projetos Legislativos
Estudos sobre o Habeas Corpus
Infância e Juventude
Iniciação Científica
Jornal de Ciências Criminais
Justiça e Segurança Pública
Mesas de Estudos e Debates
Monografias e Concurso de Monografias de Ciências Criminais
Núcleo de Pesquisas
Política Nacional de Drogas
Relações Internacionais
Revista Brasileira de Ciências Criminais
Revista Liberdades
Sistema prisional Relações Internacionais
23º Concurso de Monografia de Ciências Criminais
25º Seminário Internacional
Grupo de Estudos Ciências Criminais e Direitos Humanos (GCCRIMDH)
Grupo de Estudos sobre Escolas Penais